כאשר הרמב"ם בשמונה פרקים פרק ו, רושם: "ויקראו אותן קצת מחכמינו האחרונים אשר חלו חולי המדברים: "מצוות שכליות", ואין ספק שהנפש אשר תכסוף לדבר מהם ותשתוקק אליו - שהיא חסרה;"
האם הוא רומז לרב סעדיה גאון אשר הושפע מפילוסופיית הכלאם כאשר דיבר על החלוקה של מצוות שכליות ושמעיות?
להבנתי כן. ונראה שרבנו התקומם כנגד עצם הגדרת המצוות שטעמן ברור ופשוט כ"מצוות שכליות", כביכול המצוות שטעמן אינו ברור ופשוט וגלוי, אינן שכליות, דהיינו אינן נובעות ממקור חכמה... אך לעצם העניין רס"ג אינו שונה בהרבה מרבנו, שהרי גם לדעתו יש למצוות "השמעיות" ש"אינן שכליות" כביכול, טעמים מושׂכלים (ראה בספרוֹ מאמר ג, א).
ועוד בעניין זה ראה: "מלחמתו של הרמב"ם בגדולי האסלה (חלק ד)", שם בפרק יט.